Il existait jadis un monstre nommé Kyuubi (signifiant démon-renard à neuf queues). Ses queues pouvaient  d'un seul coup, provoquer un tsunami (c'est à dire un raz-de-marée) ou déplacer des montagnes... Des hommes décidèrent de réunir une troupe de ninja afin de se débarasser du Kyuubi. Grâce à la bravoure de l'un, la bête fut neutralisée mais il mourut par son acte... Ce valeureux ninja était le 4ème Hokage (chef du pays du feu, étant considéré comme le plus fort de celui-ci)... Cet hokage scellera le monstre dans le corps d'un bébé, Naruto, mais celui-ci sera repoussé par les habitants de son village.

Depuis le moment où le Kyuubi a été scellé dans son corps, Naruto a bien grandi: il n'arrête pas de faire des bêtises pour se faire apprécier des autres, mais le jour de son examen pour devenir genin (des "aspirants ninja"), il n'arrive pas à réussir le test (qui est de faire un bunshin no jutsu, c'est à dire un clône), mais il sauvera son tuteur et "maître" Iruka, d'un ninja peu recommandable, ce qui lui vaudra d'avoir mérité le bandeau de Konoha (son village, signifiant "feuillage") donné à tout ceux qui réussissent l'épreuve. Naruto ne rêve que d'une seule chose: devenir Hokage pour être reconnu aux yeux de tous.

Après ce test, on forme les équipes: trois genins avec pour "chef", un jounin (ninja de classe supérieure, souvent capitaine de troupes militaires, il représente son village), ainsi Naruto tombera avec Sakura (qu'il apprécie énormément!) et Sasuke (qui deviendra son ami et son rival!), et aura pour Jounin Kakashi, un ninja très doué pour... Les retards no jutsu!