Cette dernière devient un des plus grands centres de la nouvelle province numide soumise aux romains; l'Africa Nova. Les vestiges que nous voyons aujourd'hui représentent la phase romaine et ses séquelles vandale et byzantine. Ce qui fait l'individualité d'Hippone dans cette période, c'est qu'elle est devenue un centre de rayonnement de la pensée théologique augustinienne sous l'impulsion de l'évêque d'Hippone Saint augustine. La mort de cette éminente figure coïncide avec la défaite romaine dans la régions sous les coups des Vandales et l'atrophie d'Hippone à tous les niveaux. Les Byzantins, malgré leur tentative, ne redonnent pas à la ville son éclat d'antan, tout au plus peut-elle constituer une escale ou un point de ravitaillement pour la flotte byzantine. Le VII ème siècle marque le début d'une nouvelle ère de l'histoire de la ville, lorsque celle-ci s'islamise.

Le site antique d'Hippone sera islamique aussi jusqu'à la fin du Xème siècle. La ville prend le nom officiel de Bouna; mais on lui donne aussi le nom de Madinat Saybous ( la ville de Seybouse ). Au début du XIème siècle, la ville antique est abandonnée pour un nouveau site à 3 km au nord du premier. La ville Bouna Al Haditha ( Bouna la neuve ). La nouvelle ville s'installe sur une hauteur de 40 mètres environ d'altitude, à la différence de l'antique qui se trouve dans le plat ( 1 à 3 mètres d'altitude ); et dès 1040 environ la ville s'entoure de remparts pour renforcer sa défense naturelle. Les Sanhadjas, qui la fondent, en font un poste de défense et de surveillance de cette double-frontière terrestre et maritime. Parallèlement à cette fonction, Bouna va être aussi un port d'échanges commerciaux. Cette double fonction, la ville la garde sous les Muwahidines (XIIème siècle), sous les Hafsides (XIIIème au XVème siècle), et sous les Deys (XVIème au XIXème siècle).

C'est aussi cette fonction qui l'expose aux agressions, dont la plus importante est celle des espagnols de Charles Quint, qui occupent la citadelle de Annaba de 1535 à 1540. Dès cette date, la ville et sa région sont incluse dans les limites de l'Algérie moderne. Bouna ( Bona ) est parée d'un nouveau qualificatif: «Madinat Al Unnab», ou Annaba qui se substitue progressivement à son ancien nom, surtout à la fin du XIX ème siècle et aujourd'hui.

La fonction de point d'échanges commerciaux, notamment avec l'étranger, fait de Annaba et sa région une des assiettes de l'établissement de concessions commerciales européennes, prémices de la colonisation. C'est en avril 1832 que Annaba est définitivement investie et prise par l'armée d'invasion coloniale. Cette période émaillée par une longue résistance de 1832 à 1850, et puis surtout par le combat nationaliste prend fin en juillet 1962. «Les Arabes l'appellent lieu des jujubes, à cause de l'abondance qu'il y a de ces fruits... Les Chrétiens la nomment Bona, avec plus de raison, parce que c'est le meilleur et le plus fertile pays de toute la Barbarie...» ( Marmole - 17 ème siècle - )