Lorsque Sora, dans Kingdom Hearts, sacrifie son cœur pour que Kairi retrouve le sien, le corps de ce dernier aura servi à la naissance de Roxas, son Simili, qui rejoint immédiatement les rangs de l'Organisation XIII. Seul le fragment du coeur de Kairi contenu dans le cœur de Sora aura servi à la naissance de Naminé, la Simili de Kairi. Ainsi, Naminé peut être considérée en tant que Simili incomplet, inachevé.

Capturée sur le moment par les membres de l'Organisation XIII, elle doit alors changer la mémoire de Sora et de ses connaissances.Naminé est dotée d'un pouvoir, dû à son inachèvement lors de sa naissance, celui de changer les maillons de la mémoire de Sora, et de toutes ses connaissances.

Première apparition de la jeune fille, Simili de Kairi. Sous les ordres de Marluxia et de son acolyte Larxene, celle-ci, à contrecoeur, change la mémoire de Sora, et indirectement de Donald, Dingo, Kairi, ainsi que celle de tous les personnages rencontrés par Sora, exceptés Riku et le Roi Mickey. Mais devant la bonté du jeune homme, elle abandonna ce plan machiavélique et rencontra quelques paliers plus haut Sora et ses compagnons de voyages. Ce dernier battit Larxene et Marluxia, libérant ainsi la jeune fille. Cette dernière plaça Sora dans une fleur de verre pour lui rendre la mémoire.

Pendant la réorganisation de la mémoire de Sora, Naminé et DiZ enportèrent Sora dans le manoir abandonné de la fausse Cité du Crépuscule pour le mettre à l'abri de l'Organisation XIII. Naminé en profita pour révéler à Roxas, le Simili de Sora, les choses que ce dernier a oublié. Mais DiZ ne l'entendit pas de cet oreille et poussa rapidement Sora à se réveiller grâce à son Simili. C'est elle qui libéra Kairi du cachot dans lequel elle avait été enfermée par Saïx. A la fin du jeu , elle réintègre le corps de Kairi.