Spirit est un étalon qui raconte son histoire, celle des chevaux sauvages de l'Ouest. Grandissant dans de somptueux paysages de prairies et de montagnes, il vit paisiblement dans la plaine, son principal désir étant de courir toujours plus vite. Farceur et aventurier, il devient fougueux mais responsable de son clan une fois adulte.

Une nuit, il est attiré par un feu de camp brillant au loin. Malgré les mises en garde de sa mère, Spirit est bien décidé à rencontrer cette chose étrange et arrive dans un groupe de captureurs de chevaux sauvages. Ces chevaux sont ensuite amenés à l'armée. Spirit réveille accidentellement un des hommes et malgré une poursuite acharnée se fait capturer. Emmené dans un fort au beau milieu du désert, il mène la vie dure aux hommes du Colonel, qui décide de l'emmener au corral, ce qui ne suffit toujours pas, et décide de le lier à un poteau sans eau ni nourriture pendant 3 jours. Durant cette période, un Indien, Petit Nuage, est capturé à son tour et subit le même sort que Spirit. Une fois les 3 jours écoulés, le Colonel décide de dompter Spirit mais la force de caractère de ce dernier est immense et il parvient à se défaire de son cavalier. A la surprise générale, Petit Nuage, arrivé à couper ses liens grâce à un couteau lancé par ses amis durant la nuit, s'empare de Spirit, qui défonce les portes de l'écurie et libère en même temps tous les chevaux capturés qui s'échappent alors du fort.

Mais la liberté n'est toujours pas pour Spirit, Petit Nuage étant bien décidé à l'apprivoiser. Spirit reste très distant face à l'indien qui décide de changer de tactique : il lie une corde entre Spirit et Rivière, sa jument, afin que celle-ci lui apprenne les bonnes manières. Spirit s'adoucit un peu, mais refuse toujours de se laisser monter, quoiqu'il a beaucoup plus d'amitié avec Petit Nuage. Spirit et Rivière tombent tout deux fou amoureux l'un de l'autre. Tout bascule à nouveau lorsque l'armée du fort attaque le campement. Rivière et Petit Nuage tombent dans l'eau seul le jeune réussit à s'attacher à un rocher tandis que Rivière est transportée par les courants, Spirit ayant vu toute la scène bouscule le colonel qui voulait tirer sur l'indien. Spirit accourt pour sauver la jument. Il reste toute la nuit à ses côtés ce jour là avant que l'armée le reprenne laissant seule la jument ; Spirit abattu par la perte de Rivière, se laisse entraîner sans opposer de moindres résistance.

La voie ferrée est en construction et de nombreux chevaux sont nécessaires pour hisser les locomotives au-delà des collines. Spirit en fait partie mais une fois arrivé en haut de la colline il aperçoit son monde, qui commence à être violé par la venue des hommes. Par un coup de ruse il parvient à s'échapper et à briser les attaches des chaînes et de la locomotive qui, entraînée par son poids, dégringole la colline et heurte violemment l'autre locomotive, faisant tout exploser. Spirit s'enfuit poursuivit par l'incendie. Dans la forêt, celui-ci se retrouve coincé à cause de la chaîne qu'il a encore autour du coup et qui s'est accroché a un tronc mais Petit Nuage arrive pour le libérer a temps car l'indien était parti à la recherche de l'étalon en suivant la voie ferrée en construction car il l'avait sauver du colonel.

Les deux amis se retrouvent mais sont aussitôt interrompus par l'arrivée du Colonel et de deux de ses hommes qui lui livrent une chasse acharnée. Spirit accepte pour la première fois que Petit Nuage le chevauche. Acculé au sommet d'un rocher, Spirit rassemble ses dernières forces pour accomplir un bond prodigieux et saute par delà le canyon, son ami sur son dos. Le colonel s'avoue vaincu et les laisse partir... Une fois de retour au camp indien il est surpris de revoir Rivière, encore en vie. Petit Nuage accepte que Rivière parte avec Spirit et c'est non sans émotion qu'ils se séparent. Une fois de retour dans son troupeau, Spirit repart enfin avec les siens vers de nouveaux horizons...