La jeune Misaki Suzuhara, 13 ans, débarque à Tokyo pour aller habiter chez sa tante Shoko et poursuivre ses études dans un collège de la ville. En chemin, elle se surprend à suivre dans la rue la retransmission télévisée d'un tournoi d'Angelic Layer. Le concept est simple : Des petites poupées, les anges, s'affrontent sur une aire de combat, à un contre un. Les anges sont commandés par la pensée par leur "maitres" qui sont installés en marge du ring et le vainqueur est celui qui terrasse l'ange de son adversaire ou le fait sortir de l'aire de jeu. Ces tournois entre adolescents sont très médiatisés et très populaires.
Misaki est séduite par le combat qu'elle voit et par la grâce de l'ange vedette, Athéna, qui écrase son adversaire. Avant même qu'elle n'arrive chez Shoko, la jeune fille craque et s'achète un ange, qu'elle crée à son image et qu'elle appelle Hikaru.
Une fois son ange équipé et après un bref entraînement, Misaki se lance dans la compétition et participe à ses premiers tournois.